La criptococosis es una enfermedad sistémica causada por levaduras del género Cryptococcus, especialmente por las del complejo Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii. Tiene varias presentaciones clínicas, siendo las más frecuentes la infección pulmonar y la diseminación al sistema nervioso central (meningoencefalitis). En Paraguay es escasa la información que se tiene en relación al complejo Cryptococcus. El objetivo de este estudio fue realizar la caracterización fenotípica y determinar los factores de virulencia asociados a los aislamientos pertenecientes al complejo C. neoformans/C. gattii obtenidos de muestras clínicas de pacientes atendidos en varios hospitales. Se evaluó un total de 60 aislamientos clínicos, de los cuales el 83,3% (n=50) fueron de líquido cefalorraquídeo (LCR). En el 81 % (49/60) de los pacientes fueron procedentes del departamento Central. El 66,6 % (40/60) de los aislamientos fueron de varones, siendo la relación hombre/mujer de 2:1. En el 80% (48/60) de los casos, el sida fue la principal causa predisponente; los 12 pacientes restantes presentaron una variedad de patologías de base como: lupus eritematoso sistémico (3/12), lepra (2/12), vasculitis (2/12), etilismo crónico (2/12), tumor medular (1/12), linfoma retroperitoneal (1/12), enfermedad autoinmune (1/12). Para realizar la identificación se utilizaron equipos automatizados (Phoenix 100 y MicroScan Walk Away) y la prueba en agar canavanina glicina azul de bromotimol (CGB). Se estudió el crecimiento a 37º C, la morfología en agar Sabouraud y agar papa, el grosor capsular y el diámetro celular, la actividad de la fenoloxidasa, fosfolipasa, proteinasa y la ureasa. En relación a los aislamientos, uno fue clasificado fenotípicamente como C. gattii, y los 59 restantes como C. neoformans. Todos los Cryptococcus crecieron a 37 ºC. El tamaño capsular inducido promedio fue de 5,94 ± 1,15 μm y el diámetro inducido promedio fue de 21,8 ± 3 μm. El tamaño de la capsula promedio en agar Sabouraud fue de 1,43 ± 0,33 μm y en agar papa 1,8 ± 0,50 μm; el diámetro celular en agar Sabouraud fue de 10,9 ± 1,75 μm y en agar papa de 9,3 ± 1,41 μm. La producción de la enzima ureasa se detectó en el 100% de los aislamientos, en un lapso de tiempo entre 0,5 y 3 horas. Con el agar semilla de girasol se determinó la actividad de la enzima fenoloxidasa o lacasa, encontrándose el 52% (31/60) con actividad baja, 45% (27/60) actividad media y 3% (2/60) actividad alta. La actividad enzimática de la fosfolipasa se detectó en 59 aislamientos; de estos, el 38,33 % (23/60) mostraron actividad media, el 60% (36/60) una actividad baja y solo una cepa 1,66% no mostró actividad. El 100% de los aislamientos mostró actividad baja de la enzima proteasa. No se observó correlación del tamaño capsular con los demás factores de virulencia. Estos datos constituyen una contribución al conocimiento de las características particulares de los factores de virulencia del complejo Cryptococcus neoformans/C. gattii que se aislaron a partir de materiales biológicos y a la epidemiología de la región.