El Desierto del Monte riojano es el hábitat natural de varias especies de roedores del género Ctenomys. Estos animales comúnmente llamados “tuco-tucos”, han sido descriptos como especies clave en los ecosistemas, debido a su capacidad para modificar localmente las propiedades del suelo mediante su actividad fosorial. En el interior de sus cuevas, los roedores subterráneos alteran el suelo por el transporte de alimentos, la deposición de heces y por el mezclado y transporte de suelo desde los horizontes inferiores a la superficie. De esta forma los tuco-tucos modifican las propiedades del suelo creando parches acotados, donde las propiedades físicas, químicas y microbiológicas del suelo pueden variar significativamente respecto al suelo circundante sin alteraciones. Estudios previos se han centrado específicamente en los cambios fisicoquímicos del suelo por la acción de los tuco-tucos, mientras que pocos han abordado las variables microbiológicas. El objetivo de esta tesis es estudiar las comunidades de hongos endófitos radicales asociadas con la actividad del roedor subterráneo Ctenomys aff. knigthi, en el bioma del Desierto del Monte riojano, y evaluar las potencialidades como bioinoculantes de algunos taxones fúngicos novedosos. Los resultados muestran que los roedores modifican las propiedades edáficas del suelo, principalmente la concentración de nutrientes y materia orgánica, la humedad, la capacidad de retención hídrica y la textura. Respecto a la actividad microbiológica, encontramos un aumento significativo de la respiración, medida como liberación de CO2, y un aumento de propágulos fúngicos de endófitos septados oscuros (ESO) y de hongos micorrícico-arbusculares en los suelos afectados por la actividad del roedor. En conjunto, estos cambios promueven la parcelación del suelo al crear micronichos, los cuales una vez abandonados podrían actuar como "islas de oportunidad" para el establecimiento y el crecimiento de nuevas plantas. En forma paralela, en esta investigación se caracterizaron los hongos endófitos radicales dispersados en las heces del roedor, mediante el aislamiento y caracterización de cepas en un sistema axénico de plantas trampa. Se obtuvieron 129 aislamientos a partir de las raíces de las plantas trampa, de los cuales 51 fueron clasificados como hongos dematiáceos por sus caracteres morfológicos. El resto fue identificado dentro de taxones de distribución cosmopolita como Trichoderma, IX Aspergillus, Cladosporium, Fusarium, Penicillium y Alternaria. El 20% de los aislamientos obtenidos correspondieron a hongos coprófilos pertenecientes al género Zopfiella, los cuales fueron caracterizados taxonómicamente a nivel molecular. En ensayos de resíntesis de los aislamientos de ESO, las cepas de Zopfiella presentaron la particularidad de colonizar profusamente la rizósfera y/o el interior de las raíces en forma asintomática. Los aislamientos de este grupo fueron caracterizados en cuanto a su capacidad de colonizar y completar su ciclo de vida en ambos nichos, rizosférico y coprófilo (asociado a las heces del roedor). A su vez se evaluaron variables fisiológicas asociadas a su potencialidad como bioinoculantes como la producción de indoles, enzimas, solubilización de fósforo y mineralización de compuestos nitrogenados. Evaluaciones a campo en el sitio de muestreo han demostrado la presencia de estos hongos en plántulas de especies nativas presentes en suelos disturbados por el roedor. Esta tesis demuestra que el roedor modifica significativamente parámetros fisicoquímicos y microbiológicos del suelo disturbado, incrementando la microbiota fúngica, particularmente los propágulos de endófitos radicales y de taxones típicamente coprófilos que se comportan como ESO.