El poroto común (Phaseolus vulgaris L.) es la leguminosa alimenticia más importante para el consumo humano a nivel mundial. La esclerotinia, causada por Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, es una enfermedad devastadora que afecta al cultivo de poroto en todo el mundo. En Argentina, se ha detectado esta enfermedad en todas las áreas de producción de poroto, principalmente al norte de la provincia de Salta, produciendo pérdidas de rendimiento y calidad de hasta el 100% en variedades de poroto susceptibles y en condiciones climáticas favorables para el desarrollo de la enfermedad. El objetivo de este estudio fue caracterizar la variabilidad fenotípica y genotípica de aislados de S. sclerotiorum provenientes de lotes comerciales de poroto ubicados en la principal área de producción de Argentina, empleando caracteres morfológicos, marcadores moleculares, y ensayos de patogenicidad para aportar conocimiento a los programas de mejoramiento. Se relevaron seis lotes comerciales de poroto y se recolectaron 116 aislados de S. sclerotiorum. Los aislados mostraron una alta variabilidad fenotípica, genética y patogénica. Se detectaron altos niveles de diversidad genotípica mediante grupos de compatibilidad micelial (MCG), marcadores moleculares URP (Universal Rice Primers) y microsatélites (SSR). Se identificaron 52 MCG, 59 haplotipos URP y 30 haplotipos MLH (Multilocus Haplotype). Todos los MCG fueron específicos de cada sitio, mientras que los haplotipos URP y MLH se compartieron entre lotes. Las distancias genéticas calculadas en base a los datos moleculares (URP y SSR) no se correlacionaron con las distancias geográficas. Más aún, el estudio con marcadores SSR no mostró diferenciación poblacional significativa en la muestra analizada, lo que se corroboró en los análisis de coordenadas principales y de agrupamientos. En concordancia, los resultados del análisis molecular de la varianza (AMOVA) y los valores de Fst de a pares, sugirieron la existencia de un moderado a alto flujo génico entre las localidades. El estudio con microsatélites permitió inferir el comportamiento reproductivo de S. sclerotiorum a través del análisis del desequilibrio de ligamiento entre loci. Los resultados obtenidos revelaron un alto nivel de variabilidad entre los aislados y la ocurrencia de ambos tipos de reproducción, clonal y sexual, pero con predominancia de la recombinación sexual en la mayoría de las poblaciones analizadas. La falta de diferenciación y la existencia de flujo génico estarían influenciados por la dispersión de inóculo fúngico, en forma de esclerocios o semillas colonizadas con micelio, de un campo a otro, al transportar restos de la cosecha y suelo contaminado mediante la maquinaria agrícola. También, las ascosporas transportadas por el aire, que constituyen una fuente común de infección dentro de los campos, podrían ser un mecanismo para la dispersión de haplotipos entre las poblaciones a larga distancia. Las poblaciones con niveles altos de diversidad genética y reproducción sexual proporcionan un amplio espectro de genotipos que pueden contribuir a una evolución rápida del patógeno aumentando la probabilidad de que el patógeno supere la resistencia de la planta hospedante y/o se seleccionen individuos con genes de resistencia a los fungicidas ampliamente utilizados, lo que implicaría un gran desafío en el manejo de la esclerotinia del poroto. Por otro lado, en invernadero, se evaluó la agresividad de los aislados mediante Straw test empleando la variedad Leales 24 INTA y la mayoría de los aislados resultaron altamente agresivos, sin variación entre las localidades. También, se evaluó la resistencia fisiológica de 20 genotipos de poroto contra cinco aislados genéticamente distintos con múltiples inoculaciones a corto, mediano y largo plazo y se determinó el área bajo la curva de progreso de la enfermedad (ABCPE). Se observaron diferencias altamente significativas (P < 0,001) entre los aislados, genotipos e interacción genotipo x aislado en las tres fechas de evaluación. A corto plazo y mediano plazo se encontraron genotipos resistentes, intermedios y susceptibles. Sin embargo, el único genotipo que resultó resistente a largo plazo a los cinco aislados fue la línea A 195. Esta línea, por sus características agronómicas y sanitarias, sería un candidato prometedor para ser utilizado para el mejoramiento de las líneas y variedades de poroto de Argentina. El presente estudio proporciona, por primera vez, información sobre la diversidad, estructura poblacional, comportamiento reproductivo de S. sclerotiorum e información sobre la resistencia fisiológica de genotipos de poroto. Estos resultados son valiosos para los programas regionales de mejoramiento genético de poroto destinados a obtener variedades ampliamente adaptadas con resistencia duradera, lo que contribuye al desarrollo de estrategias de manejo sostenible para minimizar las pérdidas de rendimiento debido a la esclerotinia en la producción de poroto.