El objetivo del presente trabajo fue determinar la prevalencia de bacterias del género Salmonella en granjas de gallinas ponedoras comerciales de la provincia de Entre Ríos, como así también la presencia de aflatoxinas en los huevos producidos en estos establecimientos. Además, se evaluaron los factores de riesgo asociados a la presencia de Salmonella y/o aflatoxinas. Se evaluaron metodologías de aislamiento bacteriológico y técnicas de PCR para la detección de Salmonella sp. en alimento, excretas y agua de bebida de aves de corral, a través de muestras obtenidas de cada una de estas matrices artificialmente contaminadas con serotipos móviles de Salmonella entérica subsp. enterica y las biovariedades inmóviles de S. Gallinarum y S. Pullorum. En cada una de las matrices se evaluó la capacidad discriminatoria de las técnicas y su límite de detección, analizándose los datos mediante las pruebas de ANOVA y de hipótesis de proporciones. Por su parte, para la evaluación de aflatoxinas en huevo se empleó una metodología basada en QuEChERS (acrónimo del inglés Quick, Easy, Cheap, Effective, Rugged, Safe), evaluándose la linealidad, exactitud, precisión, límite del blanco, límites de detección y cuantificación. Se realizó un muestreo aleatorio estratificado en 30 granjas de gallinas ponedoras de la provincia de Entre Ríos, tomando muestras ambientales (excreta, alimento, agua de bebida, aire, hisopados de arrastre y huevo) y de origen animal (órganos, hisopados cloacales y sangre). Para el muestreo se tuvo en cuenta la distribución de granjas en la provincia y la categoría de bioseguridad de las mismas, en base a las recomendaciones del SENASA.