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Título de Acceso Abierto
Identificación y caracterización de eventos de splicing alternativo en Arabidopsis thaliana utilizando herramientas de transcriptómica de alto rendimiento
Estefanía Mancini Marcelo Yanovsky
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Resumen/Descripción – provisto por el repositorio digital
El mecanismo de splicing alternativo es un mecanismo de regulación post-transcipcional presente en los organismos eucariotas que amplía las capacidades regulatorias y funcionales de los genes mediante la generación de múltiples isoformas. Las consecuencias de este proceso son proteínas funcional y estructuralmente diferentes como así también productos no traducibles con funciones regulatorias en sí mismos. El advenimiento de las nuevas tecnologías de secuenciación masiva, incluyendo las que se utilizan para ARN (RNA-Seq) permiten estudiar cambios transcripcionales incluyendo splicing alternativo de una manera inusitada. Sin embargo, la descripción de los cambios en los patrones de splicing bajo diferentes condiciones no es trivial y ha dado lugar durante los últimos años al desarrollo de múltiples herramientas bioinformáticas. En este trabajo de tesis, se describe ASpli, un paquete de R integrativo y fácil de usar que facilita el análisis de los cambios en el splicing alternativo tanto en eventos anotados como nuevos a partir de datos de RNA-Seq. Nuestra propuesta es combinar la información estadística del uso diferencial de exones, intrones y junturas junto con las métricas de inclusión (PSI) y retención de intrón (PIR) que se obtienen por el análisis de las junturas sobre cada región genómica en estudio. La utilización de este abordaje integral intenta cuantificar de manera más exacta la ocurrencia de eventos de splicing alternativo. El desarrollo del paquete fue fundamental para el análisis de la remodelación del transcriptoma ante numerosos tratamientos en la planta modelo Arabidopsis thaliana así como en otros organismos. Como parte de los resultados, se describen los análisis del efecto de un pulso de luz en plantas y sus consecuencias globales en la regulación del splicing alternativo.Palabras clave – provistas por el repositorio digital
SPLICING ALTERNATIVO; RNA-SEQ; BIOINFORMATICA; ARABIDOPSIS THALIANA; GENOMICA; ALTERNATIVE SPLICING; BIOINFORMATICS; GENOMICS
Disponibilidad
| Institución detectada | Año de publicación | Navegá | Descargá | Solicitá |
|---|---|---|---|---|
| No requiere | 2016 | Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) |
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Información
Tipo de recurso:
tesis
Idiomas de la publicación
- español castellano
País de edición
Argentina
Fecha de publicación
2016-12-27
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