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Título de Acceso Abierto
Biología computacional aplicada al análisis genómico de dos cultivares élite (Solanum lycopersicum:Heinz y M82) y una especie silvestre de tomate (Solanum pennellii:LA0716)
Gabriel Lichtenstein Fernando Carrari
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Resumen/Descripción – provisto por el repositorio digital
Mediante la aplicación de diferentes enfoques de Biología Computacional, en esta Tesis se abordaron tres proyectos genoma de tomate: i) el genoma mitocondrial del cultivar élite Heinz se secuenció, ensambló y anotó; ii) se ancló la secuencia completa del genoma de la especie silvestre de tomate Solanum pennellii, el padre donante de la conocida población de líneas de introgresión (IL), al mapa genético y iii) mediante genómica comparativa y análisis de QTL (loci de caracteres cuantitativos) se identificaron genes candidatos asociados a variaciones en la fotosíntesis y en caracteres relacionados con el crecimiento de las plantas. Los resultados del ensamblado del genoma mitocondrial del tomate mostraron que las inserciones nucleares de origen mitocondrial (del inglés, numts: nuclear mitochondrial DNA segments) están presentes aún en los tomates contemporáneos. Este hallazgo fue validado por hibridación fluorescente in situ la cual mostró un número particularmente elevado de numts en el cromosoma 11 del cultivar Heinz. En la segunda parte de esta Tesis se presenta la secuencia completa del genoma de S. pennellii la cual fue ensamblada de novo en 4.591 scaffolds, de los cuales, el 97,1% fueron anclados (mediante una base de datos interna de 16.940 marcadores moleculares) al mapa genético del tomate. Por último, en el capítulo final de esta Tesis, el potencial como herramientas para la investigación y el mejoramiento de cultivos de las secuencias genómicas aquí presentadas, se demostró por el genoma del cultivar S. lycopersicum M82, ensamblado por referencia. En esta parte, se identificaron 87 genes candidatos involucrados en la determinación de loci de caracteres cuantitativos responsables de variaciones en la fotosíntesis y en caracteres relacionados con el crecimiento de la planta presentes en 11 regiones (BINs) de las líneas de introgresión de tomate.Palabras clave – provistas por el repositorio digital
TOMATE; SOLANUM; GENOMICA; BIOINFORMATICA; MITOCONDRIA; TOMATO; GENOMICS; BIOINFORMATICS; MITOCHONDRIA
Disponibilidad
| Institución detectada | Año de publicación | Navegá | Descargá | Solicitá |
|---|---|---|---|---|
| No requiere | 2018 | Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) |
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Información
Tipo de recurso:
tesis
Idiomas de la publicación
- español castellano
País de edición
Argentina
Fecha de publicación
2018-06-29
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