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El parásito Echinococcus canadensis G7 (filo Platelmintos, clase Cestoda) es uno de los agentes causantes de la echinococcosis, zoonosis crónica que afecta tanto a los seres humanos como a mamíferos domésticos y salvajes, y considerada una enfermedad prioritaria por la Organización Mundial de la Salud. A pesar de su gravedad e incidencia en el mundo aún no se dispone de datos genómicos o herramientas terapéuticas y de diagnóstico eficaces para el tratamiento de la infección. La información presentada en esta tesis permite comprender características biológicas de esta especie y provee información que puede ser utilizada para el diseño de nuevas herramientas de control. En este trabajo se secuenció, ensambló y anotó el genoma de 115 Mb de E. canadensis G7. Se identificaron 11435 genes y mediante análisis de ortología se determinaron 881 grupos de genes específicos de cestodos y 581 grupos específicos del género Echinococcus. Estos análisis permitieron identificar genes que podrían ser nuevos blancos terapéuticos. Este es el primer trabajo de genómica comparativa entre las especies de Echinococcus, y mediante el cual se determinó un alto grado de variabilidad genética entre E. canadensis G7 y E. granulosus G1, a pesar de que ambas especies pertenecen al complejo E. granulosus sensu lato y presentan un fenotipo similar del estadío de metacestodo. Los análisis filogenéticos basados en el análisis de SNPs de genomas completos confirmaron a E. canadensis G7 como una especie diferente respecto a E. granulosus G1. Asimismo, se identificaron SNPs en genes del metabolismo de Echinococcus que podrían tener un impacto en su función. La validación de SNPs permitió desarrollar nuevos marcadores moleculares nucleares para diferenciar las especies de Echinococcus que infectan a animales y al hombre en Argentina, y complementan a los marcadores mitocondriales y ribosomales utilizados. Además, se analizaron tres características epigenéticas particulares: la distribución de islas CpG, el sistema de metilación del ADN y componentes de la vía de pequeños ARN basados en el análisis estructural proteína-ARN. Los resultados sugieren que Echinococcus posee mecanismos de regulación génica aún desconocidos y diferenciales entre las especies. Por otra parte, el estudio del uso de codones de Echinococcus reveló que la principal fuerza evolutiva que moldea su uso es la selección. Si bien se identificaron codones que son utilizados más frecuentemente no se encontraron diferencias entre las tres especies de Echinococcus. Los datos generados en esta tesis contribuyeron a la construcción de la base de datos WormBase ParaSite (https://parasite.wormbase.org/), especializada en parásitos platelmintos y nematodos y del Nodo Bioinformático IMPaM (http://impam2.fmed.uba.ar/) en el que se implementaron herramientas especializadas para el análisis de cestodos. La disponibilidad de un nuevo genoma es fundamental para entender la biología de un organismo patógeno, y más aún en aquellos con limitaciones para su mantenimiento y manipulación en el laboratorio.

Los costos de las barricas, por el tipo de cambio en la Argentina, son inaccesibles para muchas bodegas. Debido a esto, muchas de ellas utilizan sistemas alternativos de crianza, no conociendo claramente las consecuencias y los fenómenos que ocurren con el uso de estos sistemas. El objetivo del trabajo fue evaluar la composición polifenólica, el color y los caracteres sensoriales de vinos tratados con distintos sistemas de crianza en madera. Para ello se utilizaron métodos espectofotométricos rápidos y fácilmente realizables en bodega. Los tra tamientos a los cuales se sometió el vino fueron: barrica de roble americano de primer uso, barrica de más de cinco años de uso reacondicionada, vasija de acero inoxidable con “dominó" de roble en dosis comúnmente usadas en el medio, vasija de acero inoxidable con “dominó" de roble en dosis equivalentes a la superficie de contacto de la barrica y vino sin madera tomado como testigo. El ensayo se realizó con vinos cosecha 2007 de las variedades Malbec y Cabernet Sauvignon y el tiempo de crianza fue de 10 meses. Los resultados mostraron que en ninguna de las variedades los tratamientos con barricas obtuvieron mayor nivel de polimerización que el resto de los tratamientos ni tampoco los sistemas con agregado de fragmentos de roble superaron en polimerización al vino sin madera. Por otro lado, sólo en la variedad Cabernet Sauvignon la barrica nueva superó en intensidad de color al vino sin madera. En cambio, los tratamientos con roble favorecieron la copigmentación y los copigmentos inhibieron la polimerización, haciendo más lenta la formación de uniones tanino- antocianos pero también protegiendo el color y evitando oxidaciones, esta situación podría explicar los resultados contradictorios entre distintos autores. En el aspecto sensorial los vinos en barricas no obtuvieron mayor intensidad de color ni menor astringencia que los vinos con agregado de roble y tampoco estos últimos lograron diferencias con el vino testigo. Por otro lado en ambas variedades, la barrica nueva y el tratamiento con alta dosis de dominó de roble tuvieron la mayor intensidad aromática con descriptores como vainilla y chocolate aunque la alternativa de crianza con “dominó" estuvo muy ligada al descriptor “tabla". La barrica reacondicionada mostró el mayor nivel del descriptor betún y en el tratamiento testigo se detectaron aromas de reducción. El tratamiento con dominó de roble en dosis comerciales se encontró más ligado a los aromas frutados.

Resumen - Lista de guras - Lista de tablas - Introducción - Objetivo general - Objetivos especícos - 1. Marco Teórico - 1.1 Nuevas perspectivas en la investigación sobre cáncer - 1.2 Análisis de datos económicos - 1.2.1 Normalización de datos - 1.3 Ontología de genes 1.4 Los métodos de k-tablas - 1.4.1 STATIS - 1.4.1.1 Interestructura - 1.4.1.2 Compromiso - 1.4.1.3 Intraestructura - 1.4.2 STATIS-Dual - 1.4.2.1 Interestructura - 1.4.2.2 Compromiso - 1.4.2.3 Intraestructura - 1.4.3 Análisis Parcial Triádico - 1.5 Medidas de calidad de representación - 1.5.1 Calidad de representación de las tablas - 1.5.2 Calidad de representación de los individuos - 1.5.3 Calidad de representación de las variables - 1.6 Variabilidad muestral - 1.7 Representación Biplot para medir interacción entre individuos y variables - 1.7.1 Formulación - 1.8 Redes y Grafos - 2. Ilustración de la metodología de análisis: integración de datos económicos provenientes de líneas celulares de cáncer del panel NCI60 - 2.1 Conjunto de Datos NCI60 - 2.2 Procesamiento de Datos - 2.2.1 Análisis de ontologías: integración de datos en una red - 2.3 Resultados - 2.3.1 Interestructura - 2.3.2 Configuración Compromiso - 2.3.3 Proyección de genes usando Biplot - 2.3.4 Selección de genes comunes a todas las tablas usando Biplot - 2.4 Análisis de ontologías: red de relaciones de genes seleccionados y genes activados ante la presencia de distintos tejidos - 2.5 Discusión - Conclusiones - Bibliografía - Anexo

La especie de tomate Solanum pimpinellifolium es un material genético sub-explotado para introgresar genes de origen silvestre que pueden mejorar la calidad de los frutos en la especie cultivada (S. lycopersicum). El objetivo de este trabajo fue identificar regiones genómicas de la entrada LA722 de S. pimpinellifolium asociadas a la larga vida poscosecha y caracteres que confieren calidad a los frutos para introgresarlas en un genotipo „elite‟ de la especie cultivada. Se evaluaron 74 plantas BC1 (primera retrocruza entre el cultivar Caimanta de S. lycopersicum como padre recurrente y la entrada LA722 de S. pimpinellifolium), los progenitores y la F1 para once caracteres fenotípicos. Estos materiales se caracterizaron molecularmente por perfiles polipeptídicos de pericarpio de frutos al estado verde y rojo maduro y marcadores de ADN del tipo SRAP (Sequence Related Amplified Polymorphism) y SSR (Single Sequence Repeat). Se encontraron polipéptidos asociados a caracteres como firmeza, altura, forma, pH y vida poscosecha de los frutos. Dos bandas de SRAP estuvieron asociados a porcentaje de reflectancia, firmeza, acidez titulable y contenido en sólidos solubles. Los SSR estudiados permitieron identificar asociaciones o QTL (Quantitative Trait Loci) a todos los caracteres de calidad con excepción de la vida poscosecha en la BC1. Para seguir el comportamiento de estos segmentos cromosómicos asociados a los caracteres de calidad se evaluaron los mismos SSR en 40 plantas BC2. Dado que las poblaciones de retrocruzas no son adecuadas para la detección de QTLs aportados por el progenitor donante con efectos recesivos, también se evaluaron cinco familias BC1S1. Se encontraron asociaciones a todos los caracteres de calidad entre los que se destacan QTLs para la vida poscosecha de los frutos no detectados en las generaciones de retrocruzas. Once QTLs fueron detectados en al menos una generación segregante con p < 0,001. Finalmente, la comparación entre las asociaciones encontradas en las tres generaciones permitió validar 12 QTLs (p < 0,05). Estos resultados demuestran que la introgresión de regiones genómicas asociadas a la vida poscosecha y a la calidad del fruto de S. pimpinellifolium puede mejorar a la especie cultivada.