La combinación de la siembra directa con el monocultivo, junto con los cambios climáticos y la difusión de genotipos susceptibles, han generado las condiciones óptimas para que los patógenos necrotróficos, que sobreviven en los rastrojos sean anualmente responsables por daños y pérdidas significativas en el cultivo de soja. Dentro de este grupo de enfermedades, deben destacarse por su prevalencia y severidad, a las enfermedades de fin de ciclo (EFC) y a la mancha ojo de rana (MOR), Entre las prácticas para su manejo, deben mencionarse a la rotación de cultivos, tratamiento químico de semillas, resistencia genética, y el uso de fungicidas en órganos aéreos. Esta última medida se ha incrementado considerablemente como respuesta al aumento del potencial de inóculo sobre variedades susceptibles y bajo monocultivo. Sin embargo, la determinación del momento oportuno de la aplicación de fungicidas para el manejo de estas enfermedades no resulta una tarea sencilla y práctica. Existe una gran complejidad en el abordaje de su estudio con variadas dificultades que deben enfrentarse principalmente cuando el objetivo es asistir a los productores y asesores con metodologías prácticas que aseguren la sustentabilidad económica y ambiental. A pesar de que muchos investigadores están de acuerdo en que los fungicidas deberían ser aplicados durante el período crítico de generación del rendimiento del cultivo de soja, no fue posible encontrar información científica publicada sobre el momento más apropiado de aplicación de fungicidas, dentro de esa amplia ventana fisiológica de aplicación, que relacione ambiente, epidemiología, daños y umbrales. Los objetivos de este trabajo fueron a) generar criterios de uso de fungicidas para el manejo químico sustentable de las EFC y la MOR en el cultivo de soja, b) cuantificar sus daños, c) elaborar y validar un sistema de puntuación que permita definir el momento más eficiente de aplicación para las EFC, y d) determinar los umbrales de control para la MOR. Para ello, se realizaron y analizaron numerosos ensayos de campo provenientes de zonas agro-ecológicas diferentes. Para el caso de las EFC, los resultados demostraron que la respuesta al uso de fungicidas (kg/ha) dependió de la ocurrencia de lluvias entre R3-R5 y no de las que ocurrieron entre R1-R3, por lo tanto dependiendo de las condiciones ambientales, la aplicación de fungicida podría realizarse en R3, R4 o R5. Una vez que se logró identificar el factor ambiental y el período fenológico que estadísticamente se asociaron con el impacto en los rendimientos por el uso de fungicidas, la siguiente etapa fue la de desarrollar un sistema de puntuación basado en la ponderación de diferentes factores agronómicos. Dicho sistema contó con 10 factores de valoración relativa y permitió proponer una herramienta fácil, práctica y dinámica para orientar la decisión de control químico. Los ensayos de validación del sistema de puntuación llevados a cabo en localidades y campañas agrícolas diferentes, permitieron analizar el impacto en el rendimiento agronómico y en la rentabilidad lograda, cuando se utilizó el sistema de puntuación en comparación con las aplicaciones fenológicas fijas de R3, R5 y con un testigo sin aplicación química. Cuando el sistema recomendó no aplicar, los rendimientos que fueron obtenidos en los tratamientos de R3 y R5 no se diferenciaron de los del testigo, indicando que no se justificaba aplicar. Por otro lado, se demostró que algunos ensayos mostraron el mayor impacto por el uso de fungicidas cuando se realizaron las aplicaciones en R3 ó R4 ó R5 y que su decisión final dependió de la puntuación arrojada por el sistema en cada ensayo, demostrando que la aplicación regida exclusivamente por fenología rígida y estricta, no resulta en una alternativa técnica fundamentada para orientar el momento de la pulverización. Para el estudio de la MOR, se lograron estimar los daños y generar recomendaciones para su manejo mediante umbrales de control. El número de lesiones por folíolo central constituyó una medida objetiva, rápida y sencilla para cuantificar la epidemia y desarrollar los diferentes UDE. De esta manera los resultados epidemiológicos obtenidos indican que la MOR no debe ser considerada una clásica EFC debido a su comportamiento policíclico. Para diferentes estadios reproductivos de la soja y para cada estrato foliar considerado, se propusieron umbrales de daño móviles que serán de utilidad para enmarcar el uso de fungicidas dentro de un programa de manejo Integrado.