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La calidad ecotoxicológica de los ríos Luján y Reconquista fue monitoreada por un año, mediante parámetros químicos, bioquímicos, fisiológicos y genéticos; en larvas premetamorficas de Lithobates catesbeianus, en bioensayos semiestáticos de laboratorio. Ambos ecosistemas exhiben disturbios de distinto origen (industrial, doméstico, agrícola-ganadero). Las muestras ambientales de cada río fueron tomadas en dos sitios, uno de los cuales se consideró de referencia; otro grupo permaneció en agua potable como control. Se determinaron los biomarcadores de: a) neurotoxicidad: acetilcolinesterasa cerebral (AChE), b) estrés oxidativo en branquia e hígado: catalasa (CAT), glutation-S-transferasa (GST) y superóxido dismutasa (SOD), c) contenido de glutatión (GSH) y peroxidación lipídica (TBARS), d) microscopía electrónica de barrido (MEB) y factores de condición (FC) y hepatosomático (IHS) y e) genotoxicidad en eritrocitos (micronúcleos [MN]). Se determinaron 13 parámetros fisicoquímicos, concentración de 6 metales pesados y 27 pesticidas clorados y organofosforados. Con ellos se calcularon 3 Índices de Calidad, que indicaron alta contaminación. Se registraron bajas concentraciones de oxígeno y elevados niveles de DBO5, DQO, cloruros, amonio, nitritos y nitratos. Los pesticidas en ambos ríos estuvieron por debajo de los límites de detección y algunos metales pesados por encima de los niveles guía para protección de la vida acuática. El Análisis de Componentes Principales permitió discriminar diferencias entre los sitios monitoreados de los ríos y explicar cuál/es de los biomarcadores fue clave; en ambos cuerpos de agua se destacó la frecuencia de MN. El protocolo aplicado y la especie test elegida resultaron ser aptos para monitorear la calidad toxicológica en ambos ríos.