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Título de Acceso Abierto
Análisis evolutivo de la interacción proteína-ADN
Ariel Alejandro Aptekmann Alejandro Daniel Nadra
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Resumen/Descripción – provisto por el repositorio digital
En la entidad funcional “interfaz proteína-ADN”, proteína y ADN se condicionan mutuamente en un proceso coevolutivo. El hecho de que múltiples reconocedores moleculares tengan que coexistir en un mismo genoma y ejercer sus funciones sin interferir con las funciones de los otros, condiciona sus requisitos de especificidad y discriminación. En términos evolutivos, se observa además que pares homólogos mantienen su función en un espectro amplio de condiciones físico químicas. Se agrega a esto la dificultad de que una vez determinada una red regulatoria hay un efecto inercial, que dificulta el modificarla cuanto mas cantidad de partes interactuantes formen la misma. En este trabajo nos proponemos estudiar las condiciones, procesos y mecanismos que determinan las posibilidades de este fenómeno. Esta tesis puede dividirse en siete etapas, cada una correspondiente con un capítulo. En el primer capítulo comenzamos por recopilar de forma sistemática información sobre las condiciones de vida de extremófilos, principalmente Archaea. En el segundo capítulo, para aquellos organismos con un genoma secuenciado y anotado, calculamos la composición de distintas regiones del genoma, evidenciando que la aparente correlación entre contenido de G+C y la temperatura óptima de crecimiento se debe a un sesgo en los datos usados históricamente. En el tercer capítulo estudiamos el contenido de información de los promotores en distintos genomas, evidenciando un desvío de lo esperable de acuerdo a la teoría molecular de la información, proponiendo posibles explicaciones para esta desviación. En el cuarto capítulo se aplica un análisis similar a la comparación de promotores de genomas nuclear y mitocondrial en los cuales hay, de manera sostenida y en un mismo organismo, una diferencia de temperatura. En el quinto capítulo se identifican y caracterizan motivos funcionales a nivel de genoma, relacionados con la regulación de un factor de transcripción involucrado en crecimiento radicular en plantas (RSL4). En el sexto capítulo, usando expresiones regulares como modelos de sitios de unión, estudiamos la coevolución de motivos en el espacio de secuencia, mostrando cómo el tama˜no del alfabeto tiene un efecto sobre el número de posiciones discriminantes óptimas y cómo los sistemas naturales tienden a optimizarse influenciadas por este parámetro. En resumen, mediante el análisis bibliográfico y el uso de herramientas bioinformáticas modernas, estudiamos el sistema “interacción proteína-ADN”, considerando restricciones biofísicas y evolutivas. Este análisis nos ha permitido reforzar hipótesis previas, así como encontrar resultados novedosos. Esta tesis ha requerido la aplicación de teoremas y el desarrollo de algoritmos, que son enunciados a modo de apéndice.Palabras clave – provistas por el repositorio digital
ADN; PROTEINA; CONTENIDO DE INFORMACION; MOTIVOS; EXPRESIONES REGULARES; EXTREMOFILOS; ARCHAEA; LOGOS DE SECUENCIA; DNA; PROTEIN; INFORMATION CONTENT; MOTIFFS; REGULAR EXPRESSIONS; EXTREMOPHILES; SEQUENCE LOGO
Disponibilidad
| Institución detectada | Año de publicación | Navegá | Descargá | Solicitá |
|---|---|---|---|---|
| No requiere | 2018 | Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) |
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Información
Tipo de recurso:
tesis
Idiomas de la publicación
- español castellano
País de edición
Argentina
Fecha de publicación
2018-03-23
Información sobre licencias CC
