Catálogo de publicaciones - tesis

Compartir en
redes sociales

Título de Acceso Abierto

Relaciones genómicas y control de calidad del genotipado empleando la noción de identidad por descendencia en el marcador

Natalia Soledad Forneris Rodolfo Juan Carlos Cantet Alicia Leonor Basso Juan Pedro Steibel

acceptedVersion.

Resumen/Descripción – provisto por el repositorio digital
La exactitud de los valores de cría genómicos (GEBVs) depende de la habilidad de la matriz de relaciones genómicas (G) para capturar la variabilidad en la proporción de genoma compartido entre individuos con el mismo parentesco genealógico, así como del control de calidad de SNPs. Esta tesis desarrolla métodos para calcular G considerando: el pedigree, SNPs de calidad y el desequilibrio de ligamiento (LD) entre SNPs. Primero, se presenta un método simple basado en máxima verosimilitud restringida para identificar SNPs con muchos genotipos asignados incorrectamente mediante la estimación de la heredabilidad (h2) de la cantidad de alelos (GC) para cada SNP. El GC es el número de copias de un alelo en particular en el genotipo de un animal (0, 1 ó 2). El método prueba la hipótesis nula: h2=1 (sin errores en el genotipado). El método es ilustrado con datos reales; su sensibilidad y especificidad se evalúan mediante simulación, mostrando mejor performance que el procedimiento estándar de detección de errores Mendelianos. Luego, se compararon dos enfoques para estimar G: 1) identidad-por-estado (GVR), utilizando las frecuencias alélicas observadas o las de la población base, 2) identidad-por-descendencia (GIBD-LD)) usando análisis de ligamiento y LD. Los estimadores fueron evaluados en precisión y en sesgo empírico respecto de la verdadera proporción de genoma compartido simulada (GT). Todos fueron prácticamente insesgados. GIBD-LD mostró el menor error cuadrático medio empírico y la mayor correlación con GT. La exactitud de los GEBVs fue mayor con GIBD-LD que con GVR. En datos reales, la varianza muestral de GIBD-LD se aproximó más al valor teórico en cada relación de parentesco. En resumen, el uso de GIBD-LD mejora la precisión de las estimaciones y la exactitud de los GEBVs para los candidatos a la selección. Los métodos propuestos consideran todos los individuos genotipados y su pedigree de manera conjunta.
Palabras clave – provistas por el repositorio digital

GENOMAS; SELECCION; GENETICA; ALELOPATIA; MARCADORES GENETICOS; CALIDAD

Disponibilidad
Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2016 FAUBA Digital: Repositorio Institucional Científico y Académico de la Facultad de Agronomía de la UBA (SNRD) acceso abierto

Información

Tipo de recurso:

tesis

Idiomas de la publicación

  • español castellano

País de edición

Argentina

Fecha de publicación

Cobertura temática

biologia

Ciencias biológicas