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Estructura y evolución de minicírculos del ADN kinetoplástico de Trypanosoma Cruzi

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Autores/as: Daniel Oscar Sánchez ; Alberto Carlos C. Frasch

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 1986 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto Descargá directamente
Fil:Sánchez, Daniel Oscar. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.

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Estructura y evolución tectónica del cretácico-terciario de la Costa Atlántica de Tierra del Fuego

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Autores/as: Matías Ghiglione ; Víctor Alberto Ramos ; Eduado B. Olivero

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No requiere 2003 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto Descargá directamente

Cobertura temática: Ingenieria ambiental  

Fil:Ghiglione, Matías. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.

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Estructura y Función de Dominios Lipídicos en Biomembranas

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Autores/as: Pablo Marcelo Rodi ; Ana María Gennaro ; María Angélica Perillo ; Laura Susana Bakás ; Bruno Maggio

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2010 Biblioteca Virtual de la Universidad Nacional del Litoral (SNRD) acceso abierto Descargá directamente
Hace algunos años se propuso que en las biomembranas existen microdominios segregados lateralmente denominados “rafts” con una composición lipídica y proteica diferente a la del resto de la membrana. En este trabajo nos planteamos dos estrategias diferentes para abordar el estudio de los rafts. Por una parte utilizamos un sistema biológico sencillo (la membrana eritrocitaria) para investigar las propiedades de los rafts mediante la obtención de DRMs (Membranas Resistentes al Detergente) con detergentes no-iónicos en frío. Analizamos la influencia de la composición lipídica y del ordenamiento de la membrana en la capacidad del detergente de extraer material a partir de la membrana. Observamos una fuerte dependencia de la susceptibilidad a la solubilización con detergente tanto con la composición lipídica original de la membrana como con el ordenamiento lipídico de la misma. Encontramos que las DRMs están enriquecidas en esfingomielina y colesterol, y presentan un mayor ordenamiento lipídico que la membrana original. También detectamos fuertes vinculaciones entre el citoesqueleto y las vesículas de lípidos insolubles Por otro lado realizamos un estudio de las interacciones de la proteína GAP-43 (reportada como perteneciente a rafts de neuronas e involucrada en el crecimiento neuronal) con sistemas modelo de membrana. Aquí estudiamos la relevancia de las interacciones proteína-lípido. Mediante ensayos de interacción de GAP-43 con sistemas modelo de membrana encontramos que la interacción de la proteína con la bicapa lipídica depende tanto de interacciones hidrofóbicas como electrostáticas y detectamos una mayor afinidad de GAP-43 por los sistemas lipídicos ordenados en comparación con los sistemas fluidos.

tesis Acceso Abierto
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Estructura y función de enzimas redox de cobre y molibdeno estudiadas por métodos computacionales basados en evidencias bioquímicas y espectroscópicas

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Autores/as: María Cecilia Gómez ; Carlos Dante Brondino ; Sandra Rosanna Signorella ; Damián Ariel Scherlis Perel ; Sergio Fabián Pantano ; Sergio Daniel Dalosto

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No requiere 2019 Biblioteca Virtual de la Universidad Nacional del Litoral (SNRD) acceso abierto Descargá directamente

Cobertura temática: Ciencias biológicas  

En este trabajo se caracterizan algunos aspectos del proceso catalítico de las enzimas aldehído oxidoreductasa, de Desulfovibrio gigas (DgAOR), y nitrito reductasa de cobre, de Sinorhizobium Meliloti (SmNir) usando el método híbrido Quantum Mechanics-Molecular Mechanics (QM/MM) en el programa Gaussian. DgAOR cataliza la conversión de aldehídos a ácidos carboxílicos en una reacción redox de dos-electrones. El molibdeno contiene solamente en DgAOR un ligando oxo ecuatoria. SmNir cataliza la conversión de nitrito a óxido nítrico en una reacción redox de un-electrón. Esta proteína contiene 2 Cu/monómero unidos por un puente CYS-HIS responsable de la transferencia electrónica. La estructura de SmNir es desconocida. Encontramos que la energética del proceso catalítico es favorable con un oxígeno en la posición ecuatorial del molibdeno. Además, se evaluó el proceso de transferencia electrónica Mo→ FeS1. Los resultados sugieren que la transferencia electrónica está favorecida cuando el sustrato está unido al sitio activo, facilitando la reconversión de la enzima al estado resting. Este proceso es gobernado por la presencia/ausencia del ligando ecuatorial OHX . Obtuvimos la estructura 3D de la SmNir wild type y de las variantes H171D y C172D (con uno y dos Cu/monómero). Las variantes mostraron el grupo carboxilato del residuo aspártico añadido coordinado al cobre. El resto del sistema permaneció prácticamente sin cambios. El puente de hidrógeno entre CYS y HIS se perdió en la variante H171D, la cual demostró ser inactiva. Los métodos computacionales sugieren que la pérdida de dicho puente conduce a la inactividad de la enzima H171D.

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Estructura y función de genes asociados al cáncer de mama

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Autores/as: Mónica Nembrot ; José Mordoh

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No requiere 1991 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto Descargá directamente
Fil:Nembrot, Mónica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina.

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Estructura y función de la región regulatoria de la transcripción del gen shavenbaby en Drosophila melanogaster

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Autores/as: Gonzalo Julián Sabarís Di Lorenzo ; Nicolas Frankel

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No requiere 2018 CONICET Digital (SNRD) acceso abierto Descargá directamente
No requiere 2018 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto Descargá directamente
Los programas genéticos del desarrollo en organismos multicelulares son regulados por cambios en la expresión génica. Estos cambios determinan los procesos de diferenciación celular que suceden durante el desarrollo de los metazoos. Los genes que gobiernan estos programas en general poseen regiones regulatorias de la transcipción con una arquitectura genética compleja. Las mismas contienen codificada la información necesaria para establacer dónde, cuándo y cuánto se expresa el gen en cuestión. Este trabajo de tesis tiene como objetivo general entender de manera integral cómo funcionan las regiones regulatorias de la transcipción en metazoos. En este trabajo utilizamos a la mosca Drosophila melanogaster como modelo experimental. Nos centramos en el análisis de la arquitectura y función de la región regulatoria de la transcipción del gen shavebaby (svb). svb es un gen modelo establecido para el estudio de la estructura y evolución de regiones regulatorias. Este gen se expresa en células epidérmicas del embrión y es indispensable para la formación de pelos no sensoriales (llamados "tricomas") en la cutícula de la larva de primer estadio. El patrón de expresión embrionario de svb es generado por siete enhancers que están localizados en una región de 90 kilobases ubicada río arriba del sitio de inicio de la transcripción del gen. Con el objeto de comprender in toto la arquitectura genética de la región regulatoria de svb generamos moscas trangénicas con construcciones reporteras de su actividad transcripcional. Encontramos que svb se expresa en el estadio larval y pupal de Drosophila melanogaster además de generar tricomas, a lo largo del desarrollo de Drosophila. Luego estudiamos el patrón de expresión de svb en los estadios de larva y pupa y los elementos regulatorios que generan dicho patrón. Encontramos que los siete enhancers embrionarios de svb generan también expresión en los tejidos de larva y pupa. Esto indice que los enhancers de svb funcionan de manera pleiotrópica, es decir, presentan actividad en distintos tejidos a lo largo del desarrollo. Otra característica revelante que se desprendió de este análisis es que todos los enhancers presentan un alto nivel de redundancia en los patrones de expresión que generan en la epidermis del estadio pupal. Evaluamos el rol de la redundancia de los enhancers en la epidermis pupal y verificamos que la ausencia de cuatro de siete enhancers de svb, no modifica el patrón de tricomas en la pupa. Por lo tanto, la redundancia de los enhancers en la epidermis pupal contribuye a la robustez del fenotipo de tricomas en este estadio. Finalmente exploramos la existencia de nuevos elementos regulatorios de la transcipción a través de deleciones de secuencias de ADN, sin función asignada hasta el momento, dentro de la región regulatoria de svb. Encontramos que existen otros elementos funcionales, además de los enhancers ya descriptos, que modulan la expresión de svb tanto en el estadio larval como pupa de Drosophila melanogaster. En esta tesis analizamos la regulación transcripcional de un ghen a lo largo de la ontogenia. Nuestros resultados ayudan a comprender cómo está codificada la información dentro de las regiones regulatorias de la transcipción en genes que son requeridos durante distintas instancias del desarrollo y diferentes contextos celulares.

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Estructura y función del complejo apendicular posterior en aves rapaces diurnas (Falconidae y Accipitridae)

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Autores/as: María Clelia Mosto ; Claudia Patricia Tambussi

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No requiere 2014 SEDICI: Repositorio Institucional de la UNLP (SNRD) acceso abierto Descargá directamente

Cobertura temática: Ciencias naturales - Ciencias biológicas  

El objetivo principal de esta tesis fue el de determinar patrones ecomorfológicos y funcionales en el complejo apendicular posterior (CAP) de aves rapaces diurnas (Falconidae y Accipitridae), a partir de información anatómica y biomecánica considerando los hábitos alimenticios predominantes y el contexto filogenético. Entre las rapaces diurnas los hábitos alimenticios y, por tanto, las estrategias de caza, son variados. Para la obtención del alimento, el miembro posterior, principalmente el tarsometatarso y los dedos, juega un papel preponderante. Se agruparon las especies en relación a su hábito alimenticio principal y se estudió el esqueleto y la musculatura del complejo apendicular posterior con el fin de encontrar semejanzas relacionadas con el hábito alimenticio. Se estudiaron un total de 36 especies de las cuales 11 son Falconidae y 25 son Accipitridae. Los especimenes estudiados osteológicamente provienen de las colecciones osteológicas de diferentes museos. Mientras que para los estudios miológicos se obtuvieron los ejemplares en diferentes muestreos en el marco de este y otros proyectos de investigación acreditados. Las rapaces fueron clasificadas según su hábito alimenticio en: generalistas, oportunistas, consumidoras de aves, consumidoras de reptiles y anfibios, piscívoras, consumidoras de caracoles, carroñeras y finalmente, consumidoras de insectos y mamíferos. El esqueleto fue analizado con diferentes metodologías. En el caso de la pelvis, se realizó un análisis de morfometría geométrica. En el fémur, tibiotarso, tarsometatarso y dedos, se tomaron diferentes datos métricos (medidas lineares, proporciones, índices, etc). Los músculos fueron estudiados por medio de disecciones, y también tomo la masa muscular y se calcularon las proporciones de músculos flexores y extensores en cada articulación con respecto a la masa corporal. También se realizaron estudios biomencánicos calculando índices de velocidad y estimando la fuerza muscular a partir de área fisiológica transversal muscular. Todos los datos cuantificables fueron analizados utilizando análisis de componentes principales, análisis discriminante y MANOVA. Además para evaluar el carácter adaptativo o filogenético de los rasgos aquí estudiados se realizó un análisis de contrastes independientes.

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Estructura y función del complejo apendicular posterior en rapaces diurnas (Falconidae y Accipitridae)

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Autores/as: María Clelia Mosto ; Claudia Patricia Tambussi

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2014 Naturalis (SNRD) acceso abierto Descargá directamente

Cobertura temática: Ciencias biológicas  

Tesis presentada para optar al Grado de Doctor en Ciencias Naturales

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Estructura y función del dominio D/D de la subunidad regulatoria de la proteína quinasa A de Saccharomyces cerevisiae

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Autores/as: Nicolás Diego González Bardeci ; Silvia Margarita Moreno de Colonna

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No requiere 2015 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto Descargá directamente

Cobertura temática: Ciencias físicas  

La proteína quinasa dependiente de cAMP (PKA) es una quinasa de serina y treonina de amplio espectro que fosforila a sus proteínas blanco en respuesta a estímulos específicos. Se encuentra involucrada en la regulación de una gran diversidad de procesos fisiológicos en una amplia variedad de organismos, motivo por el cual es un miembro modelo de estudio de la superfamilia de las Proteínas Quinasa. En la mayoría de los organismos, en condiciones de baja concentración de cAMP existe como una holoenzima inactiva heterotetramérica conformada por dos subunidades catalíticas (C) y un dímero de subunidades regulatorias (R). En respuesta a estímulos extracelulares específicos, las concentraciones intracelulares del segundo mensajero aumentan; como consecuencia, dos moléculas de cAMP se unen a cada subunidad R, generando un cambio conformacional que disocia la holoenzima en un dímero de subunidades R y dos subunidades C activas. En mamíferos existen cuatro isoformas de la subunidad R, que presentan una estructura de dominios bien conservada entre los distintos organismos. Ésta consiste de dos dominios de unión a cAMP hacia el extremo C-terminal, y una región responsable de la dimerización hacia el extremo N-terminal. Esta pequeña región de apenas 50 aminoácidos se denomina dominio de dimerización y anclaje (D/D), ya que constituye además una superficie de interacción para una familia de proteínas denominadas AKAPs (A-Kinase Anchoring Proteins). Estas proteínas tienen como función proporcionar a la holoenzima de la PKA la localización subcelular necesaria para garantizar la propagación adecuada de las señales disparadas por cAMP. Todas ellas presentan una hélice anfipática de unos 20 aminoácidos cuya cara no polar interactúa con alta afinidad con una superficie hidrofóbica proporcionada por los dominios D/D. Se conocen las estructuras de alta resolución de los dominios D/D de mamíferos, tanto en su forma apo como en complejo con péptidos derivados de distintas AKAPs. Sin embargo, hasta la fecha no se han llevado a cabo estudios estructurales de estos dominios en otros organismos. El objetivo principal de este trabajo consiste en obtener una caracterización estructural y funcional del dominio D/D de Bcy1, la subunidad R de la PKA de S. cerevisiae. La motivación principal radica en contribuir con el primer estudio de estos dominios en organismos no mamíferos, a efectos de establecer una comparación con éstos. S. cerevisiae es un organismo modelo por excelencia en bioquímica y biología molecular, y resulta muy pertinente para este trabajo dado que en este organismo la PKA es una enzima fundamental involucrada en la regulación de los procesos relacionados con la respuesta a la disponibilidad de nutrientes, respuesta a estrés, desarrollo y entrada en fase estacionaria. En primer lugar, se realizó un mapeo del dominio D/D de Bcy1 por análisis bioinformático de secuencias y experimentos de entrecruzamiento químico utilizando mutantes de deleción de Bcy1 en su extremo N-terminal. En segundo lugar, se procedió al clonado, sobreexpresión en bacterias, y desarrollo de un protocolo de purificación del fragmento recombinante Bcy1 1-50. Posteriormente, se procedió a su caracterización estructural, para lo cual se utilizaron dos abordajes generales: estudiar la estructura en solución y elucidar la estructura cristalina. Para la primera parte, se determinó el estado oligomérico en solución y se obtuvieron parámetros hidrodinámicos característicos utilizando cromatografía de exclusión molecular (SEC), dispersión estática de la luz (SLS) y dispersión de rayos X a bajo ángulo (SAXS). Por otro lado, se estudió la estructura secundaria utilizando dicroísmo circular (CD). Finalmente, se construyó un modelo de la estructura en solución consistente con los datos experimentales, mediante herramientas de modelado molecular. En segundo lugar, se logró resolver la estructura cristalina utilizando difracción por rayos X (XRD). Recientemente, en nuestro grupo de investigación se han identificado varias proteínas interactoras de Bcy1. Estas proteínas son consideradas “candidatas” a ser las primeras AKAPs reportadas en levaduras. Para concluir este trabajo, se estudió la interacción entre el fragmento Bcy1 1-50 y un péptido sintético derivado de una de estas proteínas, Ira2. Para ello se utilizaron técnicas de dicroísmo circular y espectroscopía de fluorescencia.

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Estructura y función en las tiorredoxinas factores que determinan su especificidad por enzimas del ciclo de fijación de CO sub 2

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Autores/as: Santiago Mora García ; Ricardo Alejandro Wolosiuk

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Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 1998 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto Descargá directamente
Las Tiorredoxinas (Trx) son proteínas citoplasmáticas halladas en todos los sistemas biológicos, que catalizan con alta eficiencia la reducción de puentes disulfuro en otras proteínas por medio de un par de cisteínas en su centro activo. En los organismos fotosintéticos oxigénicos, la reducción mediada por Trxs modula la actividad de numerosas enzimas de las vías asimilativas. En el estroma de los cloroplastos se encuentran dos tipos de Trxs, filogenéticamente distantes: Trx-f, de linaje eucariótico, y Trx-m, emparentada con las Trxs bacterianas. La actividad de la Fructosa-1,6-bisfosfatasa (cFBPasa), una enzima clave del ciclo de fijación de CO2, es estimulada selectivamente por la Trx-f, mientras que la Trx-m resulta ineficaz. Para caracterizar los factores involucrados en la interacción entre la Trx-f y la cFBPasa, y para indagar en la relación entre estructura y función en las Trxs, se utilizó como modelo la Trx de Escherichia coli, ineficaz en la activación de la enzima, pero muy estudiada funcional y estructuralmente, y se siguió una estrategia de mutagénesis dirigida. Un aspecto considerado fue la contribución de las cargas superficiales, ya que las interacciones electrostáticas son importantes para la afinidad entre proteínas. La introducción de cargas positivas alrededor del centro activo de la Trx de E.coli, sin modificar la estructura o la capacidad de reducción, aumentó considerablemente la capacidad de activar la enzima. Con altas concentraciones salinas en el medio, la afinidad de todas las Trxs por la enzima resultó similar, lo que corrobora la importancia de las interacciones electrostáticas. Las cisteínas reactivas de la cFBPasa se encuentran, de hecho, en una zona cargada negativamente, y regiones de carga negativa rodean el centro activo de la Trx-m y de E.coli, mientras que en la Trx-f la contribución de cargas positivas es mayor. Ciertas posiciones cercanas al centro activo, de importancia estructural en las Trxs, se han conservado estrictamente. Sin embargo. las Trx-f presentan desviaciones únicas. Se reemplazaron sucesivamente los residuos en la zona hasta alcanzar la secuencia encontrada en las Trx-f. Los cambios alteraron la conformación de un residuo triptofano conservado, y llevaron a una disminución tanto en la estabilidad estructural de las proteínas como en la capacidad reductora, que afectó a la activación de la enzima. La conformación de la zona inmediata al centro activo y la capacidad reductora son pues importantes para la activación de la enzima. En las Trx-f se deben dar cambios que permitan compensar los cambios, pero el significado funcional de los mismos permanece oscuro. Se aisló la secuencla codificante para la Trx-f de colza (Brassica napus), y la proteína se sobreexpresó y purificó. Si bien son potentes activadores de la cFBPasa, las Trx-f son pobres reductoras de puentes disulfuro en otras proteínas, y tampoco muestran una mayor actividad en la isomerización estos enlaces, lo que demuestra que el componente cinético es fundamental en la interacción con la enzima. Estos resultados sugieren que las interacciones electrostáticas y los aspectos conformacionales juegan un papel preponderante en la interacción entre las Trxs y (algunas de) sus proteínas sustrato, y que en los cloroplastos este factor podría determinar la especialización funcional de ambos tipos de Trx. Sin embargo, el significado fisiológico de la presencia de dos Trxs diferentes es aún esquivo.