Prosopis es un género que presenta gran importancia desde el punto de vista económico, ecológico y evolutivo. Habita en las principales zonas áridas y semiáridas del mundo y en base a su morfología ha sido dividido en cinco secciones denominadas Prosopis, Anonychium, Monilicarpa, Strombocarpa y Algarobia. Esta última incluye 30 especies de las cuales la mayor parte habitan en América, con el principal centro de diversidad en Argentina. Algunas especies de esta sección hibridan frecuentemente en la naturaleza dando lugar a individuos con fenotipos intermedios, difíciles en algunos casos de determinar. En este trabajo se analizaron marcadores bioquímicos y moleculares en poblaciones de P. glanadulosa, P. velutina, P. alba, P. nigra, P. vinalillo, P. alpataco, P. caldenia, P. ruscifolia, P. flexuosa, P. chilensis, P. affinis, P. kuntzei de Algarobia, P. reptans de Strombocarpa y P. argentina de Monilicarpa. Se estudiaron poblaciones naturales mediante las técnicas de electroforesis de isoenzimas y RAPD con el objeto de identificar loci diagnóstico, estimar la variabilidad y analizar la estructura poblacional. Se compararon poblaciones naturales de diferente subcontinentes pertenecientes a Algarobia junto con P. reptans (Strombocarpa) y P. argentina (Monilicarpa). Los resultados señalaron que P. velutina y P. kuntzei son las únicas que presentaron loci isoenzimóticos diagnósticos. Las especies Norteamericanas P. grandulosa y P. velutina no presentaron bandas RAPD diagnósticas con los “primers” ensayados. Los niveles de variabilidad genética estimados en las poblaciones Norteamericanas son semejantes a los de las especies Sudamericanas de la misma sección; y las poblaciones presentan las misma variantes isoenzimóticas. Los niveles de variabilidad genética de P. reprans (Strombocarpa) y P. argentina (Monilicarpa) no difieren entre sí, aunque son significativamente menores que las de las especies de Algarobia. La diferenciación genética entre las poblaciones de la sección Monilicarpa es menor a la presentada por las especies de Algarobia estudiadas. Como consecuencia, el flujo génico estimado entre las poblaciones de P. argentina es mayor que el de las especies de Algarobia. Un estudio de individuos agrupados por familias fue realizado mediante electroforesis de isoenzimaspara inferir el sistema de apareamiento en siete especies de la sección Algarobia. Los resultados mostraron que las especies presentan en la mayoría de los casos fecundación cruzada pero que hasta un 28% de autofecundación puede ocurrir (tm varió entre 0.72 y 1). El valor promedio en todas las especies aquí estudiadas es de 15%. Las tasas de fecundación cruzada variaron entre los árboles dentro de las poblaciones y la mayoría de los individuos analizados (semillas) dentro de cada familia eran hermanos completos. Se realizó un estudio de RFLP utilizando como sonda 27.7 kb de cpDNA heterólogo de Nicotina tabacum en 11 especies del género. Los resultados no mostraron variación intraespecífica en ningún caso y sólo permitieron diferenciar a P. reptans y a P. kuntzei de las restantes especies de Algarobia estudiadas (P. alba, R nigra, P. vinalillo, P. alpataco, P. caldenia, P. ruscifolia, P. flexuosa, P.glandulosa, P. affinis). Por último, las relaciones filogenéticas entre las especies fueron reconstruidas mediante métodos de distancia y parsimonia a partir de las frecuencias alélicas isoenzimáticas, de las secuencias correspondientes al intergén TrnD-TrnT(cpDNA) y de las secuencias de los espaciadores internos transcriptos de ADN ribosómico (ITS-1 e ITS-2). Los fenogramas obtenidos a partir de los datos de enzimas señalaron que P. reptans (Strombocarpa), P argentina (Monilicarpa) y P. kuntzei son las especies mas diferenciadas. A pesar de que los cladogramas de cpDNA y de ADNr resultaron incongruentes, presentan consistencia. El orden relativo de divergencia señalado en ambos cladogramas concuerda con el nivel de diferenciación genética en los fenogramas. Además, ni los fenogramas ni los cladogramas están de acuerdo con la clasificación morfológica en series propuesta para este grupo.