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Título de Acceso Abierto

Optimización en el cálculo de perfiles de energía libre: Desarrollo y aplicación a reacciones de interés biológico

Claudia Lilián Ramírez Marcelo Martí

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Resumen/Descripción – provisto por el repositorio digital
Uno de los objetivos principales de la química es comprender los principios que rigen las reacciones, tanto en términos de sus mecanismos como en la termodinámica que las gobierna. Utilizando dinámica molecular, en combinación con esquemas de muestreo sesgado, es posible simular y obtener perfiles de energía libre asociados a eventos que incluyen desde reacciones químicas en entornos complejos (en solución y/o enzimas) hasta movimientos conformacionales proteicos. Los primeros requieren un tratamiento cuántico, al menos del sitio activo, por lo que los métodos híbridos cuántico-clásicos son los escogidos. Mientras que para los segundos es posible emplear campos de fuerza clásicos, atomísticos o de grano grueso. Sin embargo, el costo computacional de la obtención de dichos perfiles es muy elevado para la gran mayoría de los sistemas biológicos, incluso imposibilitando en algunos casos su obtención. Siendo que en un perfil de energía libre se obtiene toda la termodinámica relevante para el sistema, y por ende todos los parámetros asociados de importancia, subsanar esta imposibilidad es de suma importancia. En esta tesis se realizaron desarrollos teóricos que permiten obtener perfiles de energía libre en menor tiempo computacional, para diversos niveles de teoría, permitiendo así el estudio termodinámico de procesos alostéricos y mecanismos de reacción de sistemas biológicos relevantes.
Palabras clave – provistas por el repositorio digital

ENERGIA LIBRE; MECANISMO DE REACCION; ALOSTERISMO; SIMULACION COMPUTACIONAL; FREE ENERGY; REACTION MECHANISM; ALLOSTERISM; COMPUTATIONAL SIMULATION

Disponibilidad
Institución detectada Año de publicación Navegá Descargá Solicitá
No requiere 2016 Biblioteca Digital (FCEN-UBA) (SNRD) acceso abierto

Información

Tipo de recurso:

tesis

Idiomas de la publicación

  • español castellano

País de edición

Argentina

Fecha de publicación

Información sobre licencias CC

https://creativecommons.org/licenses/by/2.5/ar/